Die Übermittlung der Daten an das Krebsregister und im Register erfolgt grundsätzlich elektronisch und transportverschlüsselt. Die Daten unterteilen sich in den Bereich der Identitätsdaten und der medizinischen Daten. Diese werden für den Transport getrennt verschlüsselt und können nur vom jeweils zuständigen Registerteil entschlüsselt werden.

Zugangsberechtigung zu den Räumen und den Daten des Registers haben nur die Mitarbeiter des jeweiligen Registerteils. Alle Mitarbeiter wurden in einer gesonderten Verschwiegenheitsverpflichtung auf absolute und uneingeschränkte Vertraulichkeit der Daten, mit denen sie im Rahmen ihrer Tätigkeiten in Kontakt kommen, verpflichtet.

Um Fehler zu erkennen, werden die Identitätsdaten in der Vertrauensstelle (VS) zunächst über automatisierte Plausibilitätsprüfungen auf Vollständigkeit und Schlüssigkeit geprüft. Bei unklarer Datenlage erfolgt eine Nachfrage beim Melder. Die nachgefragten Daten werden häufig als korrekt bestätigt. Die entsprechende Meldung kann dann angenommen werden. Ergibt die Nachfrage einen Fehler, kann dieser in Rücksprache mit dem Melder von der Vertrauensstelle korrigiert werden oder die entsprechende Meldung wird als Korrekturanforderung zurück geschickt. Unter der Rubrik „Korrekturanforderungen“ können diese bearbeitet werden. Wird durch die Vertrauensstelle eine Änderung der Daten vorgenommen, wird der Melder über das Meldeportal darüber informiert. Die vorgenommenen Änderungen sollen vom Melder in seinen Datenbestand übernommen werden, um mehrfaches Nachfragen zum gleichen Sachverhalt bei erneuter fehlerhafter Übermittlung, zu vermeiden.

Die Verarbeitung der Daten ist höchsten datenschutzrechtlichen Vorgaben unterworfen und die Verschlüsselungstechniken werden vom Bundesamt für Sicherheit in der Informationstechnologie (BSI) vorgegeben und so auch umgesetzt. Die von den Meldern übermittelten Identitätsdaten werden in der Vertrauensstelle (VS) auf Vollständigkeit und Plausibilität geprüft. Aus den Identitätsdaten werden in der VS Chiffrate und sogenannte Kontrollnummern erstellt.
Die Kontrollnummern sind eindeutige Schlüsselnummern und werden dauerhaft im Krebsregister gespeichert. Diese Kontrollnummern werden für den Abgleich der Daten mit neu eingehenden Meldungen herangezogen, u.a. für die Prüfung, ob es sich um einen im Register bekannten (Datenzusammenführung über Kontrollnummern) oder um einen neuen Patienten handelt. Das Chiffrat kann, im Gegensatz zu den Kontrollnummern, wieder entschlüsselt werden. Dies ist aber gemäß den Vorgaben des  Landeskrebsregistergesetzes nur in ganz wenigen, klar definierten Fällen erlaubt.
Das Chiffrat ist der Bestandteil, der bei Bearbeitung eines Widerspruches aus dem Datensatz des Patienten vollständig gelöscht wird. Eine Reidentifizierung des Patienten ist dadurch nicht mehr möglich.

Der Abgleich mit den Meldebehörden wird einmal jährlich, jeweils im 4. Quartal des Folgejahres durchgeführt. Ein früherer Abgleich im Kalenderjahr wird angestrebt.